Cột truyện của Septerra Core kể về một thế giới huyền ảo tên là Septerra với 7 lớp lục địa (Shell), nằm quanh một nhân trung tâm (Core) chứa một nguồn năng lượng kỳ bí. Cứ 100 năm một lần, luồng sáng sẽ xuyên qua các Shell chạm vào nhân. Đúng thời điểm đó, nếu ai có được 2 chiếc chìa khóa (Core Key) nối vào nhau sẽ có thể mở ra bí mật của nhân Septerra và được nhận món quà của Đấng Tạo Hóa (Gift of the Creator). Có một số người có siêu năng lực gọi là Chosen có nhiệm vụ bảo vệ chúng, nhưng Doskias – một trong những thủ lĩnh Chosen với tham vọng của mình, hắn muốn chiếm được thứ vũ khí hủy diệt đó để thống trị Septerra. Maya – một cô gái xinh đẹp, tài năng và là junker (người chuyên thu thập những thứ phế liệu còn sử dụng được trong những thành phố chết để sinh tồn) nhân vật chính của Septerra Core đang sống yên bình với người bác tại Oasis nằm trên hoang mạc rộng lớn của Shell 2 lúc này phát hiện ra âm mưu của Doskias, nhân vật ác sống ở Shell 1, nên cùng với những người bạn đồng hành của mình lên đường ngăn chặn âm mưu độc ác của Doskias, muốn chiếm lấy sức mạnh của nhân Septerra và sử dụng nó để thống trị thế giới.[1]